馬應龍及旗下子公司分別通過了國家藥監(jiān)局GMP、GSP質(zhì)量管理規(guī)范體系認證，獲得國際機構(gòu)SGS頒發(fā)的環(huán)境管理體系ISO14000和職業(yè)安全與健康管理體系OHSAS18000的認證，在醫(yī)藥行業(yè)內(nèi)率先實現(xiàn)了“三認證”。在世界品牌實驗室、世界經(jīng)理人周刊聯(lián)合評估的2010年“中國具價值品牌500強”排行榜中，馬應龍名列第210位，品牌價值達到了43.21億元。2005年，馬應龍在人民日報、中國企業(yè)文化促進會、中國質(zhì)量與品牌雜志社等六家公共傳媒的聯(lián)合評選中榮獲“中國痔瘡藥物具影響力品牌”。2006年，馬應龍榮獲國家工商總局認定的“中國商標”，成為中國治痔領(lǐng)域的“中國商標”。2009年，馬應龍被中國非處方藥物協(xié)會評選為“中國非處方藥品牌企業(yè)十五強”。

公司生產(chǎn)功能齊全，可生產(chǎn)劑型超過30種，可供生產(chǎn)的國藥準字號藥品超過300種，擁有品種20多個，共有18個國藥準字號品種入選《國家基本藥物目錄》，37個品種入選《國家醫(yī)保目錄》，其中馬應龍麝香痔瘡膏、麝香痔瘡栓、龍珠軟膏、馬應龍八寶眼膏為公司產(chǎn)品。生產(chǎn)設施先進，主要品種生產(chǎn)流水線及配套設施的技術(shù)水平已處于國內(nèi)水平。

公司圍繞核心定位，開展系列化藥品研發(fā)。目前，在銷肛腸治痔系列產(chǎn)品達到7個品種，在研治痔項目3個，涵蓋膏劑、栓劑、西藥口服片劑、中藥口服片劑、洗劑、膠囊劑、乳膏凝膠劑、氣霧劑、散劑、顆粒劑等多種劑型，立項在研肛腸治痔類品種6種，其他在研項目8個。公司還開發(fā)出系列化眼部護理藥妝產(chǎn)品，積極進軍藥妝市場，目前在研項目11個。

公司現(xiàn)有一支人員配備齊整、結(jié)構(gòu)合理、優(yōu)勢互補的技術(shù)團隊，并有一批從事藥物合成、中藥提取、制藥工程和藥理毒理及臨床試驗評價等方面研究的學科帶頭人。公司與北京大學藥學院、中國藥科大學等多家科研機構(gòu)建立了長期的戰(zhàn)略合作關(guān)系。經(jīng)國家人事部核準公司與北京大學共同組建了博士后工作站。2009年，馬應龍藥業(yè)集團股份有限公司技術(shù)中心被國家發(fā)改委、科技部等五部委認定為企業(yè)技術(shù)中心，馬應龍創(chuàng)新藥物研發(fā)團隊被湖北省委組織部認定為首批“湖北省重點產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團隊”。